达尔文曾在著名作品《物种起源》中，公开承认他的进化理论存在重大缺陷，即无法解释寒武纪生命大爆发，因无法找到其前体化石或中间过渡态证据，也成了达尔文抱憾终身的疑问。在《达尔文的疑问》一书中，斯蒂芬•迈耶围绕“寒武纪生命大爆发”这一神秘问题展开讨论，清晰、真实、严谨、全面，富有逻辑性且信息量巨大。书稿围绕主题论点，提出各种“进化论”严重错误的证据，从正面肯定了智能设计理论。科学论证了生命起源于一种科学的智能设计运动，而非自然选择和进化突破。
《达尔文的疑问》清楚、准确地描述了“寒武纪生命大爆发与生命起源”的各个层面。他的书为进化研究的变革者寻求动物起源新理论方面指出了正确方向。迈耶延伸了他上一本书《细胞签名》里所描述的令人信服的理由，迈耶赞同智能设计理论，该理论坚信宇宙和生命体的某些特征可以被智能设计而不是诸如自然选择一类的无导向过程，并最终成为寒武纪生命起源的最佳诠释。
《达尔文的疑问》，全书由三部分组成：第一部分，失踪的化石之谜，该部分讲述了达尔文的生物进化理论，阐明了达尔文的疑问，寒武纪大爆发生命起源问题，科学家们无法找到史前化石证据支撑达尔文进化学说；第二部分，如何创建动物，从基因、蛋白质大分子，表观遗传学角度分析生物进化论；第三部分，达尔文之后是什么？提出智能设计论，案例式科学分析其可行性。
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